吉林市原名吉林烏拉，滿語意思為“沿江的城池”。人類史前文化發源地之一，考古發現，16~23萬年以前，就有人類在吉林地區棲息。距今約8萬年前的舊石器時代，吉林地區始有眾多人類活動。西漢初年（2200年前）在龍潭山和東團山一帶建立地方少數民族政權，成為漢魏時期“夫余”王國的故都，從此吉林建城距今已有2200年的建城歷史。公元410年高句麗復筑龍潭山城，成為高句麗王國的北方重鎮。公元713年建渤海國后，成為獨奏州涑州所在地。遼代，吉林隸屬東京道涑州，靺鞨改稱女真。女真人建立金政權滅遼后，吉林隸屬金咸平路。元朝，吉林初屬開元路，后屬遼東宣慰司。明代初，吉林屬奴兒干都司，中期屬海西女真烏拉國，后期歸屬建州女真為后金領地。遼東都指揮使劉清三次奉命到松花江造船，吉林始有“船廠”之稱。清初，清政府在寧古塔（今黑龍江省寧安縣）駐兵，在吉林造船，設水師營?？滴跏辏?671年），寧古塔副都統安珠瑚奉命移駐吉林；康熙十二年（1673年），開始建城設治；康熙十五年（1676年），寧古塔將軍巴海移駐吉林后，成為僅次于盛京（沈陽）的東北區域的政治、經濟、軍事和文化中心，也是吉林省治所在地。雍正五年（1727年）設永吉州，州治在吉林城。乾隆十二年（1747年）改永吉州為吉林廳，隸屬寧古塔將軍。乾隆二十二年（1757年）寧古塔將軍改稱吉林將軍。光緒七年（1882年），吉林廳升為吉林直隸廳，次年又升為吉林府。光緒三十三年（1907年）清政府宣布設奉天、吉林、黑龍江行省，吉林省治仍設在吉林城。1912年，中華民國成立，改吉林巡撫為吉林都督。1913年改吉林府為吉林縣，1929年改吉林縣為永吉縣，同時設吉林市政籌備處。1931年，日本軍隊占領吉林市。1932年，3月1日，日本在長春設立偽滿州國。1936年4月1日，成立偽吉林市公署。1945年8月15日，日本投降。同年9月，國民黨成立吉林地方治安維持會；10月，在中共吉林市委組織下成立吉林市政府；11月成立省政府于吉林市。1946年5月，吉林省、市政府撤出吉林市。同年10月，國民黨在吉林市成立吉林省、市政府。1948年3月9日，吉林市解放。同年10月，省政府從延吉遷到吉林市。10月23日，成立吉林市人民政府。1949年中華人民共和國成立后，吉林省、市政府仍設在吉林市。1954年9月，吉林省政府遷往長春。1958年，將永吉、磐石、舒蘭、蛟河、樺甸縣劃歸吉林市領導。1988年樺甸撤縣設市，1989年蛟河縣改市，1992年舒蘭縣改市，1995年磐石縣改市。1992年設國家吉林高新技術產業開發區。2009年設國家吉林經濟技術開發區。